L'arrivée du Battlestar Pegasus annonce une nouvelle ère dans les vies de l'équipage du Galactica et du gouvernement colonial. Il apporte sa puissance de feu et son équipage qui seront plus qu'utile au combat faisant rage contre les cylons. Mais, sous le commandement de l'Amiral Cain, il n'y a pas de place pour la compassion ou la pitié. La brutalité et les choix difficiles vont saper les valeurs morales de l'humanité. Mais les cylons, à leur tour, se transforment.

Plus ils sont exposés aux humains, plus leurs projets individuels guident leurs actions. En des temps de suspicion et de besoins désespérés, la ligne entre le bien et le mal devient de plus en plus floue.

L'extension Pegasus pour Battlestar Galactica : le jeu de plateau propose aux joueurs un nouveau chapitre de la série TV de Syfy. En plus des nouvelles cartes Destination, Crise, Crise Majeure, Loyauté, et Compétence, cette extension introduit de nouveaux types de cartes comme les cartes Compétence Traitrise, représentant les méthodes sournoises utilisées pour saboter les efforts de l'humanité.

Les nouveaux personnages de cette extension permettent aux joueurs de jouer des leaders cylons, qui peuvent gagner ou perdre selon leurs propres motivations mystérieuses. Les nouveaux plateaux permettent aux personnages d'explorer le Pegasus et Nouvelle Caprica. Enfin, avec le plateau et la carte Objectif de Nouvelle Caprica, l'humanité sera assujettie aux lois cylons, et devra se défendre contre ses oppresseurs jusqu'à ce que le Galactica soit de retour pour un sauvetage risqué.