Naruto a réussi à s'échapper de Hôzuki, la terrible Blood Prison !
Toutefois, ses actions ont causé beaucoup de remue-ménage. Même si la prison est de nouveau opérationnelle et qu'un nouveau gardien a été assigné avec une nouvelle technique de scellement, un détenu en a profité pour entrer dans la salle secrète et voler le rouleau de la technique. Arriverez-vous à empêcher l'évasion du criminel ou pire de toute la prison ? Chaque partie révèlera un nouveau coupable, le jeu est donc rejouable et le nombre de combinaisons qui mènent à différents coupables innombrables. 

Trois modes de jeu sont proposés :
Mode Solo : Démasquez seul les complices en moins de 60 min.
Mode Coopératif : Formez une seule équipe pour démasquer un complice le plus rapidement possible.
Mode Compétitif par équipe : La première équipe ayant identifié le coupable gagne la partie.